گر چه در رساله‌ی توضیح المسائل منهاج فردوسیان، سعی شد ساختار کلی رساله‌های توضیح المسائل مراجع تقلید به هم نخورد، ولی مجبور به اصلاحات و نوآوری‌هایی شدیم که عمده‌ی آنها به شرح زیر است:
1. پیکان تیز مسأله‌ها به سمت اصحاب منهاج فردوسیان گرفته شد.
مهمترین نوآوریای که بسیار مشهود است و در اولین برخورد، خودنمایی می‌کند، تغییر ادبیات «رساله‌ی توضیح المسائل منهاج فردوسیان» از صیغه‌ی «مفرد غایب» به صیغه‌ی «جمع مخاطب» است. یعنی کوشیدیم به جای تعیین تکلیف برای دیگران، در هر مسأله، تکلیف اصحاب منهاج فردوسیان مشخص گردد، که در ادامه، نمونه‌هایی از آن را بیان می‌کنیم:
نمونه‌ی اول:
مسأله‌ی 527: اگر دیوانه یا بچه نابالغی میت را مسّ کند، بعد از آنکه آن دیوانه عاقل یا بچه بالغ شد، باید غسل مسّ میت نماید.
مسأله‌ی 527: هر گاه در دوران نابالغی، مُرده‌ای را مسّ کنید، باید بعد از بالغ شدن، غسل مسّ میّت نمایید. همچنین اگر بعد از دوره‌ای دیوانگی یا بیهوشی، عاقل و هوشیار شوید و به شما خبر دهند که در آن حال، مرده‌ای را مسّ کرده بودید، باید غسل مسّ میّت نمایید.
نمونه‌ی دوم:
مسأله‌ی 2196: هرگاه چیزی را که اجاره داده تحویل دهد، اگر چه مستأجر تحویل نگیرد یا تحویل بگیرد و تا آخر مدت اجاره از آن استفاده نکند، باید مال الاجاره آن را بدهد.
مسأله‌ی 2196: هرگاه چیزی را اجاره کرده و تحویل بگیرید، هر چند تا آخر مدت اجاره از آن استفاده نکنید، باید اجاره‌ی آن را بدهید.
نمونه‌ی سوم:
مسأله‌ی 2197: اگر انسان اجیر شود که در روز معینی کاری را انجام دهد و در آن روز برای انجام آن کار حاضر شود، کسی که او را اجیر کرده اگر چه آن کار را به او مراجعه نکند، باید اجرت او را بدهد، مثلاً اگر خیاطی را در روز معینی برای دوختن لباسی اجیر نماید و خیاط در آن روز آماده کار باشد، اگر چه پارچه را به او ندهدکه بدوزد، باید اجرتش را بدهد، چه خیاط بیکار باشد، چه برای خودش یا دیگری کار کند.
مسأله‌ی 2197: هر گاه کسی را اجیر کنید که در روز معینی کاری را انجام دهد و در آن روز برای انجام آن کار حاضر شود، اگر چه کاری برای انجام دادن به او ندهید، باید اجرتش را بپردازید، مثلاً اگر خیاطی را در روز معینی برای دوختن لباستان اجیر نمایید و خیاط در آن روز آماده‌ی کار باشد، اگر چه پارچه را به او ندهیدکه بدوزد، باید اجرتش را بدهید، چه خیاط بیکار باشد، چه برای خودش یا دیگری کار کند.
نمونه‌ی چهارم:
مسأله‌ی 2199: اگر چیزی را که اجاره کرده از بین برود، چنانچه در نگهداری آن کوتاهی نکرده و در استفاده بردن از آن هم زیاده روی ننموده ضامن نیست، و نیز اگرمثلاً پارچه‌ای را که به خیاط داده از بین برود، در صورتی که خیاط زیاده روی نکرده و در نگهداری آن هم کوتاهی نکرده باشد، نباید عوض آن را بدهد.
مسأله‌ی 2199: هر گاه چیزی را که اجاره کرده‌اید از بین برود، چنانچه در نگهداری آن کوتاهی نکرده و در استفاده بردن از آن هم زیادهروی ننموده باشید، خود را از لحاظ شرعی ضامن ندانید، گر چه شاید از لحاظ قانونی مجبور به جبران شوید، و نیز اگر مثلاً پارچه‌ای که به خیاط داده‌اید از بین برود، در صورتی که خیاط بر خلاف دستورتان عمل نکرده و در نگهداری آن هم کوتاهی نکرده باشد، نباید عوض آن را بگیرید، هر چند قانون، او را مجبور به پرداخت خسارت نماید.
نمونه‌ی پنجم:
مسأله‌ی 2200: هرگاه صنعتگر چیزی را که گرفته ضایع کند، ضامن است.
مسأله‌ی 2200: هرگاه صنعتگر باشید و چیزی را که گرفته‌اید ضایع کنید، باید جبران نمایید.
نمونه‌ی ششم:
مسأله‌ی 2201: اگر قصاب سر حیوانی را ببرد و آن را حرام کند، چه مزد گرفته باشد، چه مجانی سر بریده باشد، باید قیمت آن را به صاحبش بدهد.
مسأله‌ی 2201: هر گاه سر حیوانی را ببرید و آن را حرام کنید، چه مزد گرفته باشید و چه مجانی سر بریده باشید، باید قیمت آن را به صاحبش بدهید.
نمونه‌ی هفتم:
مسأله‌ی 2262: اگر وکیل را عزل کند یعنی از کار بر کنار نماید بعد از آن که خبر به او رسید نمیتواند آن کار را انجام دهد، ولی اگر پیش از رسیدن خبر، آن کار را انجام داده باشد صحیح است.
مسأله‌ی 2262: هر گاه وکیل باشید و از وکالت عزل شوید، یعنی از کار بر کنار گردید، بعد از آن که خبر برکناری به شما رسید، نباید آن کار را انجام دهید. ولی اگر موکِّل باشید و وکیلتان را عزل کنید، یعنی از کار بر کنارش نمایید، کارهایی که پیش از دریافت خبر برکناری انجام داده را صحیح بدانید.
نمونه‌ی هشتم:
مسأله‌ی 2267: اگر چند نفر را برای انجام کاری وکیل کند و به آنها اجازه دهد که هر کدام به تنهایی در آن کار اقدام کنند، هر یک از آنان می‌تواند آن کار را انجام دهد و چنانچه یکی از آنان بمیرد، وکالت دیگران باطل نمیشود. ولی اگر نگفته باشد که با هم یا به تنهایی وکیل است که انجام دهد و از حرفش هم معلوم نباشد که می‌توانند به تنهایی انجام دهند، یا گفته باشد که با هم انجام دهند، نمیتوانند به تنهایی اقدام نمایند. و در صورتی که یکی از آنان بمیرد، وکالت دیگران باطل می‌شود، اگر با هم وکیل شده باشند.
مسأله‌ی 2267: هر گاه چند نفر را برای انجام کاری وکیل می‌کنید، باید مشخص نمایید که هر کدام از آنها می‌تواند به تنهایی در آن کار اقدام کند یا باید با هم انجام دهید. و هر گاه وکیل شده باشید، باید معلوم کنید که به صورت مستقل وکیل شده‌اید یا به همراه دیگر وکلا، پس اگر به صورت مستقل وکیل شده‌اید، مردن بعض وکلا را موجب باطل شدن وکالت خود ندانید، ولی اگر همه با هم وکیل شده‌اید، نباید به تنهایی اقدامی کنید و مردن یکی از وکلا را موجب باطل شدن وکالتتان بدانید.
نمونه‌ی نهم:
مسأله‌ی 2690: اگر متولی وقف خیانت کند و عایدات آن را به مصرفی که معین شده نرساند، چنانچه برای عموم وقف شده باشد، در صورت امکان حاکم شرع باید به جای او متولی امینی معین نماید.
چون این مسأله در صدد تعیین تکلیف برای حاکم شرع بود، به صورت زیر تغییر یافت تا تکلیف منهاجی مشخص شود:
مسأله‌ی 2690: هر گاه متولی وقف خیانت کند و عایدات آن را به مصرفی که معین شده نرساند، می‌توانید از حاکم شرع بخواهید که به جای او، متولی امینی معین نماید.
نمونه‌ی دهم:
مسأله‌ی 2705: اگر کسی چند وصی برای خود معین کند، چنانچه اجازه داده باشد که هر کدام به تنهایی به وصیت عمل کنند، لازم نیست در انجام وصیت از یکدیگر اجازه بگیرند، و اگر اجازه نداده باشد، چه گفته باشد که همه با هم به وصیت عمل کنند، یا نگفته باشد، باید با نظر یکدیگر به وصیت عمل نمایند، و اگر حاضر نشوند که با یکدیگر به وصیت عمل کنند، و در تشخیص مصلحت اختلاف داشته باشند، در صورتی که تأخیر و مهلت دادن علت شود که عمل به وصیت معطل بماند، حاکم شرع آنها را مجبور می‌کند که تسلیم نظر کسی شوند که صلاح را تشخیص دهد. و اگر اطاعت نکنند، به جای آنان دیگران را معین می‌نماید، و اگر یکی از آنان قبول نکرد، یک نفر دیگر را به جای او تعیین می‌نماید.
مسأله‌ی 2705: هر گاه کسی چند وصی برای خود معین کند، و شما هم جزء آنان باشید، چنانچه اجازه داده باشد که هر کدام به تنهایی به وصیت عمل کنید، اجازه گرفتن از یکدیگر در انجام وصیت را لازم ندانید. و اگر اجازه نداده باشد، چه گفته باشد که همه با هم به وصیت عمل کنید، یا نگفته باشد، باید با نظر یکدیگر به وصیت عمل نمایید، و اگر بعضی حاضر نشوید که با هماهنگی یکدیگر به وصیت عمل کنید، می‌توانید از حاکم شرع بخواهید که آنان را مجبور به همکاری کند، و اگر همه یا بعضی اطاعت نکردند، می‌توانید بخواهید که به جای آنان، شخص یا اشخاص دیگری را معین نماید.
البته مواردی اگر غیر از این عمل می‌شد، اشتباه بود، مانند:
مسأله‌ی 2252: بچه‌ای که بالغ نشده شرعاً نمیتواند در مال خود تصرف کند …
با توجه به این که بچه‌ی نابالغ، اصلاً مکلف نیست تا برایش مسأله بنویسند و تکلیفی برایش تعیین کنند، به صورت زیر اصلاح شد و پیام مسأله، متوجه مکلفین گردید:
مسأله‌ی 2252: با بچه‌ای که بالغ نشده، طرف معامله‌ی اقتصادی (مانند: خرید، فروش، مضاربه، اجاره، قرض، مساقات و مزارعه) نشوید …
یا مانند مسأله‌ی 2254: دیوانه و سفیه یعنی کسی که مال خود را در کارهای بیهوده مصرف می‌کند و کسی که به واسطه افلاس، حاکم شرع او را از تصرف در مالش منع کرده باشد، نمیتوانند در مال خود تصرف نمایند …
با توجه به این که تعیین تکلیف برای دیوانه، معنی ندارد و دیوانه از دایره‌ی تکلیف، خارج و از قید تکلیف، آزاد است، مسأله به صورت زیر اصلاح شد:
مسأله‌ی 2254: نباید با دیوانه و سفیه یعنی کسی که مال خود را در کارهای بیهوده مصرف می‌کند و کسی که به واسطه‌ی افلاس، حاکم شرع او را از تصرف در مالش منع کرده است، طرف معامله‌ی اقتصادی (مانند: خرید، فروش، مضاربه، اجاره، قرض، مساقات و مزارعه) شوید …
یا مانند مسأله‌ی 2348: اگر دیوانه و بچه، مال خود را عاریه بدهند، صحیح نیست …
که با توجه به تعیین تکلیف برای غیر مکلف، به صورت زیر اصلاح شد:
مسأله‌ی 2348: نباید از دیوانه یا بچه عاریه بگیرید …